Slovník pojmov

2-Abz - 2-Aminobenzoyl sa zvyčajne kombinuje s 2,4-dinitrofenylom (Dnp) alebo 3-nitro-tyrozínom (NitroTyr) za vzniku párov fluorofor/tlmič. excitácia pri 320 nm, emisia pri 420 nm.

3-Abz (kyselina m-aminobenzoová) môže byť vnímaná ako -aminokyselina. Keď je kyselina m-aminobenzoová začlenená do peptidových reťazcov, vedie to k rigidnému obratu.

4-Abz (kyselina p-aminobenzoová, PABA), ktorý je prirodzene sa vyskytujúcim derivátom kyseliny benzoovej, možno použiť aj ako pevný lineárny medzikus.

Abu, L- -aminobutyryl ((S)-2-aminobutanoyl), kyselina -aminomaslová, je derivát aminokyseliny. Vďaka svojej štruktúrnej podobnosti s prírodnými aminokyselinami sa často používa pri navrhovaní a syntéze peptidov a mimetík peptidov.

Ac predstavuje acetyl. N-koncová acetylácia je bežná stabilizačná modifikácia pre peptidy v prírode.

Acm, Acetamidometyl, možno odstrániť pomocou Hg(II) alebo Ag(I). Je to jedna z bežne používaných tiolových ochranných skupín pre cysteín pri syntéze peptidov s viacerými disulfidovými väzbami.

ACTH (adrenokortikotropný hormón) je hormón vylučovaný prednou hypofýzou, ktorý stimuluje kôru nadobličiek na produkciu kortikosteroidov.

Aad (kyselina L- -aminoadipová) je neproteínogénna aminokyselina. Jeho štruktúra je podobná kyseline glutámovej (Glu), s ďalšou metylénovou skupinou v bočnom reťazci.

Kyselina (2-aminoetoxy)octová, tiež známa ako etylester glycínu alebo etylamid glycínu, sa môže použiť ako spacer alebo linker pri syntéze modifikácie peptidov.

1-(1'-adamantyl)-1-metyl-etoxykarbonyl, skupina chrániaca aminoskupinu, ktorá je veľmi labilná v kyslom prostredí pri syntéze peptidov, môže byť odstránená pomocou 3 % TFA/CH2Cl2

AFC (7-Amino-4-trifluórmetylkumarín) je fluorescenčná zlúčenina s excitáciou uvoľneného kumarínu pri 395-400 nm, emisiou pri 495-505 nm.

Druhy s vyššou molekulovou hmotnosťou sa tvoria v dôsledku nekovalentnej adhézie menších druhov. Najmä v proteínoch je agregácia formou denaturácie, ktorá sa môže vyskytnúť na nepolárnych povrchoch so sekundárnymi štruktúrami, ako sú tie, ktoré typicky tvoria intramolekulárne interakcie a sú pochované v -helixoch a -listoch proteínu. Molekuly navzájom interagujú, niekedy vytvárajú nerozpustné polymolekulové formy. Agregácia kontrastuje s oligomerizáciou, normálnou interakciou správne zložených natívnych proteínov za vzniku polymérov vyššieho rádu.

AHX, aminohexanoyl, 6-kyselina aminohexánová, tiež skrátene Aca alebo LC, typicky zavádzaná ako krátky nepolárny spacer medzi biotín, fluorofóry a peptidové sekvencie.

2-Kyselina aminoizomaslová je vzácna neproteínová aminokyselina, ktorá je konečným produktom metabolizmu pyrimidínov a vylučuje sa močom a je prítomná v niektorých antibiotikách plesňového pôvodu. Používa sa aj ako náhrada prirodzených aminokyselín pri syntéze peptidov.

Alkoholy sú tie organické zlúčeniny, ktoré sa vyznačujú prítomnosťou jednej, dvoch alebo viacerých hydroxylových skupín (-OH), ktoré sú pripojené k atómu uhlíka v alkylovej skupine alebo uhľovodíkovom reťazci. Peptidové alkoholy sú klinicky kľúčové zlúčeniny, ktoré nie sú dostatočne skúmané v štúdiách vzťahu medzi štruktúrou a aktivitou (SAR) na objavovanie liekov. Napríklad DAMGO je agonista opioidného receptora modifikovaný alkoholom na C-konci so sekvenciou Tyr-{d-Ala}-Gly-{Me-Phe}-Gly-ol. Má vysokú selektivitu a afinitu k μ-opioidnému receptoru.

Aldehyd je organická zlúčenina, v ktorej je karbonylová skupina pripojená k atómu uhlíka na konci uhlíkového reťazca. Peptidové aldehydy sú dôležitými nástrojmi v biochémii a chemickej biológii na inhibíciu a chemické znefunkčnenie proteáz.

Aloc - alyloxykarbonyl, chrániaca skupina aminoskupiny (tiež skrátene Alloc). Ochranu je možné odstrániť pomocou Pd(PPh3)4.

Alzheimerova choroba, ktorá sa vyznačuje -amyloidnými plakmi a tau spleťami, je výsledkom synaptickej dysfunkcie a problémov s klírensovou dráhou, čo spôsobuje kognitívne poškodenie.

7-Amino-4-metylkumarín (AMC) je bežná fluorescenčná sonda na značenie peptidov v štúdiách proteáz. Jeho konjugácia s peptidom utlmí fluorescenčný signál a uvoľnená AMC po štiepení proteázou môže kvantifikovať aktivitu enzýmu s maximom excitácie/emisie 345/445 nm. Napríklad výhodný substrátový fluorescenčný peptid na stanovenie aktivity podobnej trypsínu čisteného proteazómu so sekvenciou: Ac-Arg-Leu-Arg-AMC.

Atriálny natriuretický peptid (ANP), hormón produkovaný a uvoľňovaný srdcovými predsieňami v reakcii na zvýšený objem krvi a tlak. Funguje tak, že reguluje rovnováhu tekutín a krvný tlak tým, že podporuje vazodilatáciu, zvyšuje tvorbu moču (diurézu) a znižuje reabsorpciu sodíka v obličkách. Tieto akcie pomáhajú pôsobiť proti účinkom vysokého krvného tlaku a preťaženia tekutinami v tele.

Antigénne peptidy sú krátke aminokyselinové sekvencie odvodené z proteínov alebo iných biomolekúl, ktoré spúšťajú imunitnú odpoveď organizmu. Tieto peptidy sú rozpoznávané imunitným systémom ako cudzie alebo cudzie telu, čo vedie k aktivácii imunitných buniek, ako sú T bunky a B bunky. Antigénne peptidy hrajú kľúčovú úlohu v imunitných odpovediach, vrátane adaptívnej produkcie protilátok a rozvoja imunitnej pamäte. Sú široko študované v imunológii a vývoji vakcín, pretože majú potenciál spúšťať špecifické imunitné reakcie proti patogénom alebo abnormálnym bunkám.

Syntéza asymetrických peptidov s 2, 4 a 8 vetvami sa môže dosiahnuť strategickým vložením lyzínu, arginínu alebo kyseliny glutámovej do peptidovej sekvencie.

Asymetrický dimetylarginín (ADMA, Arg(Me)2) je prirodzene sa vyskytujúca chemická zlúčenina a endogénny inhibítor syntázy oxidu dusnatého (NOS). Fmoc-Arg(Me)2-OH (asymetrický) sa môže priamo použiť na syntézu peptidov obsahujúcich asymetrický dimetylarginín.

5-Kyselinu aminovalérovú možno použiť ako spacer alebo linker pri syntéze modifikácie peptidov.

Benzyloxymetyl (Bom) je v kyslom prostredí labilná imidazolová ochranná skupina používaná v procese Boc-SPPS pre peptidy obsahujúce histidín. Benzyloxymetyl po spracovaní kyselinou produkuje vysoko reaktívny formaldehyd. Preto sa Bom najlepšie štiepi v prítomnosti Cys, metoxyamínu alebo iných zlúčenín, ktoré reagujú s aldehydmi.

-aminokyseliny majú svoju aminoskupinu naviazanú na -uhlík, čo je druhý atóm uhlíka vzdialený od karboxylovej skupiny. Všeobecný štruktúrny vzorec pre -aminokyselinu môže byť reprezentovaný ako: R-CH(NH2)-COOH

Natriuretický peptid typu B (BNP), hormón produkovaný hlavne srdcovými komorami ako odpoveď na nadmerné naťahovanie buniek srdcového svalu. Zohráva kľúčovú úlohu pri regulácii krvného tlaku a rovnováhy tekutín, predovšetkým tým, že podporuje vazodilatáciu a zvyšuje vylučovanie sodíka obličkami.

t-Butyloxykarbonyl (Boc) je v syntéze peptidov veľmi labilná v kyslom prostredí, môže byť odštiepená TFA/metylénchloridom (1:1), HCl v etylacetáte alebo dioxáne, 98% kyselina mravčia.

2-(4-bifenylyl)izopropyloxykarbonyl (Bpoc) je skupina chrániaca aminoskupinu, ktorá je veľmi labilná v kyslom prostredí pri syntéze peptidov, možno ju odštiepiť pomocou 1 % TFA/metylénchloridu.

Peptidy s 2, 4 a 8 vetvami možno získať strategickým vložením lyzínu, arginínu alebo kyseliny glutámovej do peptidovej sekvencie.

t-Butyldimetylsilyl (TBS alebo TBDMS) je hydroxylová ochranná skupina kompatibilná s Fmoc-SPPS. Je acidolabilný a môže byť selektívne štiepený fluoridovými iónmi.

Benzoyl je acylová skupina často zavedená na N-koniec peptidov. Je menej polárny ako acetyl (Ac) a môže byť ako trvalá modifikácia.

Benzyl (Bzl) alkylový zvyšok a ochranná skupina postranného reťazca používaná na blokovanie alkoholov (Ser, Thr, Hyp) pri syntéze peptidov. môže sa štiepiť silnými kyselinami alebo katalytickou hydrogenolýzou (napr. vodík/Pd).

Cholecystokinín (CCK) je peptidový hormón produkovaný sliznicou horného čreva a nachádza sa v centrálnom nervovom systéme. Stimuluje kontrakciu žlčníka, uvoľňovanie pankreatických enzýmov a ovplyvňuje rôzne gastrointestinálne procesy.

Calcitonin gene-related peptide (CGRP) je 37-aminokyselinový peptid súvisiaci s kalcitonínom, amylínom a adrenomedulínom. Existuje v dvoch formách, -CGRP (CGRP I) a -CGRP (CGRP II), s podobnými biologickými aktivitami. CGRP sa primárne nachádza v senzorických a centrálnych neurónoch, ovplyvňuje kardiovaskulárne funkcie, metabolizmus vápnika a fetoplacentárny vaskulárny tonus. Jeho receptory sú spojené s G-proteínom a aktivujú adenylátcyklázu, pričom interagujú s proteínmi modifikujúcimi aktivitu receptora (RAMP) pre špecifickosť ligandu a bunkový prenos.

L-Cyklohexylalanín (Cha) je nepolárny aminokyselinový analóg fenylalanínu, kde je aromatický kruh nahradený cyklohexánovým kruhom. Táto substitúcia umožňuje študovať úlohu aromatických aminokyselín v interakciách, ako sú interakcie π-π nahradením fenylalanínových zvyškov Cha v experimentoch.

L- -Cyklohexylglycín (Chg) je nepolárna aminokyselina, ktorá je stericky bránená. Slúži ako významný farmaceutický medziprodukt a nachádza sa aj v prírodných produktoch.

Cholesterol je produkovaný prirodzene pečeňou a inými bunkami v tele, ale môže pochádzať aj z potravy, ktorú jeme, najmä zo živočíšnych produktov, ako je mäso, hydina a plnotučné mliečne výrobky. Cholesterol môže byť spojený s peptidmi, aby sa zlepšila farmakokinetika.

cis-hydroxyprolín, stereoizomér prírodného trans-hydroxyprolínu.

Citrulín je prítomný v proteínoch ako výsledok posttranslačnej enzymatickej modifikácie arginínových zvyškov.

CMK je inhibítor RSK2 kinázy s podobnou účinnosťou, ale menšou chemickou stabilitou ako FMK.

Natriuretický peptid typu C (CNP) je peptid vaskulárnymi endotelovými bunkami, známy pre svoje vazodilatačné účinky. Vykazuje štrukturálne a fyziologické podobnosti s atriálnymi a mozgovými natriuretickými peptidmi (ANP a BNP).

L- -Cyklopentylglycyl (Cpg) je nepolárna aminokyselina, ktorá je stéricky bránená.

V peptidovej sekvencii je to jedinečný zvyšok, ktorý je pripojený k lineárnej sekvencii svojou aminoskupinou, pričom mu zostáva voľná karboxylová skupina. Karboxylová skupina tohto zvyšku môže podliehať modifikáciám, ako je amidácia alebo v prípadoch, ako je pyroglutamát, vnútorná laktamizácia.

Cyanín 3 je červené fluorescenčné cyanínové farbivo bežne excitované svetelným zdrojom okolo 558 nm a emitujúce svetlo pri približne 572 nm.

Cyanín 5 je fluorofór s cyanínovým farbivom, ktorý vyžaruje blízko infračervenú fluorescenciu bežne excitovanú svetelným zdrojom okolo 646 nm a vyžarujúci svetlo pri približne 664 nm.

Kyselina L-,-diaminomaslová je ,ω-diaminokyselina, kratší analóg ornitínu (Orn) a lyzínu (Lys). S vhodnou ochranou môžu byť ,co-diaminokyseliny selektívne modifikované v ich polohe Nco alebo začlenené, aby sa vytvorili rozvetvené peptidy alebo dendriméry.

Kyselina 3-(dimetylaminoazo)benzén-4-karboxylová je chromofor spojený s aminoskupinami používaný v biochémii a aplikáciách molekulárnej biológie ako zhášač pri fluorescenčnom rezonančnom prenose energie (FRET), napr. s EDANS. Excitácia DABCYL pri 454 nm.

Dabsyl ,4-dimetylaminobenzénsulfonylchlorid, Chromofor spojený s aminoskupinami používaný ako zhášač v kombinácii, napr. s EDANS. Excitácia Dabsylu pri 436 nm.

4-Dimetylamino-1-naftalénsulfonyl, fluorofor spojený s aminoskupinami, excitácia pri 342 nm, emisia pri 562 nm.

Kyselina L-,-diaminopropiónová (Dap alebo Dpr) je ,ω-diaminokyselina, ktorá je kratším analógom kyseliny diaminomaslovej (Dab), ornitínu (Orn) a lyzínu (Lys). Modifikované deriváty,co-diaminokyselín môžu byť selektívne zmenené v ich polohe Nco alebo začlenené, aby sa vytvorili rozvetvené peptidy alebo dendriméry.

1-(4,4-dimetyl-2,6-dioxocyklohex-1-ylidén)etyl (Dde) je skupina chrániaca aminoskupinu používaná pri syntéze peptidov. Môže sa selektívne štiepiť použitím 2% hydrátu hydrazínu v dimetylformamide (DMF). Nco-Dde umožňuje špecifické odstránenie Dde z aminokyselín, ako je Dap, Dab, Orn alebo Lys po Fmoc syntéze peptidu na pevnej fáze (SPPS), čo uľahčuje modifikáciu Nw-aminoskupiny na živici.

Disulfidové väzby sú kovalentné väzby vytvorené medzi dvoma sulfhydrylovými (-SH) skupinami cysteínových zvyškov v proteínoch.

2,4-dimetoxybenzyl je v kyslom prostredí labilná formamidová ochranná skupina používaná na reverzibilnú modifikáciu hlavného reťazca pri syntéze peptidov. Sú začlenené počas syntézy peptidov na pevnej fáze (SPPS) ako aminokyselina alebo dipeptid Fmoc-Dmb (Fmoc-Xaa-DmbYaa-OH), kde Fmoc zabraňuje agregácii peptidov a tým podporuje účinné predlžovanie. Dmb tiež podporuje cyklizačné reakcie a zabraňuje tvorbe asparagimidu. Na rozdiel od derivátov Hmb, Dmb počas aktivácie nevytvára benzoxazepíny.

2,4-dinitrofenyl je chromofor, ktorý je konjugovaný s aminoskupinami, bežne používaný ako zhášač v substrátoch na prenos energie fluorescenčnou rezonanciou (FRET).

4,4'-Dimetoxydyl, tiež známy ako bis-(4-metoxyfenyl)metyl, je v kyslom prostredí labilná karboxamidová ochranná skupina, ktorá je kompatibilná s Fmoc syntézou peptidov na pevnej fáze (SPPS).

DOPA, 3,4-dihydroxyfenylalanín, je prekurzorom niekoľkých kľúčových neurotransmiterov vrátane dopamínu, norepinefrínu a epinefrínu.

Kyselina (4,7,10-trikarboxymetyl-1},4,7,10-tetraazacyklododecyl)octová, skrátene DOTA, je cyklický chelátor typicky pripojený k N-koncu peptidov. DOTA uľahčuje značenie peptidov rádionuklidmi ako 68Ga alebo 90Y pre rôzne biomedicínske aplikácie vrátane zobrazovania a cielenej terapie.

Difenylmetyl (dityl), v kyslom prostredí labilná N-, O- a S-ochranná skupina.

Kyselina dietyléntriamínpentaoctová (DTPA) je užitočné chelatačné činidlo pre rádionuklidy, ako sú (68)Ga, (99m)Tc a (111)In, ktoré sú použiteľné pri zobrazovaní v nukleárnej medicíne.

Kyselina 5-[(2-aminoetyl)amino]naftalén-1-sulfónová (EDANS) je fluorofór bežne spojený s Nω diaminokyselín, ako je lyzín. Často sa používa v substrátoch FRET, zvyčajne spárovaných so zhášačmi ako DABCYL. EDANS má excitačnú vlnovú dĺžku 340 nm a vyžaruje pri 490 nm.

Endoteliálny polypeptid aktivujúci monocyty.

Etyl, alkylová skupina a homológ metylu (Me), sa používa na trvalé N- a S-etylačné modifikácie v peptidoch.

Epitopové mapovanie (antigénové epitopové mapovanie) je technika používaná na určenie špecifických oblastí (tj antigénových epitopov) na antigéne, ktoré môžu byť rozpoznané protilátkami alebo imunitným systémom. Antigénové epitopy možno rozdeliť na lineárne epitopy a konformačné epitopy. Prostredníctvom mapovania antigénneho epitopu môžeme hlboko pochopiť vzťah medzi štruktúrou a funkciou antigénu, čo má veľký význam pri vývoji vakcín, diagnostike chorôb, imunoterapii a ďalších aspektoch.
Niektoré bežne používané metódy mapovania antigénových epitopov zahŕňajú:
Röntgenová kryštalografia: Môže priamo analyzovať trojrozmernú štruktúru antigénu, čím určuje polohu epitopu.
Nukleárna magnetická rezonancia: Môže sa použiť aj na analýzu štruktúry antigénu na určenie epitopu.
Technika skenovania peptidov: Použitie série prekrývajúcich sa syntetických peptidových segmentov na identifikáciu epitopu, ktorý sa viaže na protilátku.
Napríklad pri výskume a vývoji vakcín pomáha objasnenie kľúčových epitopov na antigéne navrhnúť účinnejšie vakcíny a vyvolať cielenejšiu imunitnú odpoveď; pri diagnostike chorôb môže stanovenie antigénových epitopov súvisiacich so špecifickými chorobami vyvinúť presnejšie diagnostické činidlá.

5-FAM (5-Karboxyfluoresceín) je fluorofór bežne používaný na označovanie biomolekúl s excitačnou vlnovou dĺžkou 490 nm a emisiou pri 520 nm.

Fluoresceín-6-karbonyl je fluorofór pripojený k aminoskupinám s excitačnou vlnovou dĺžkou 490 nm a emisiou pri 520 nm.

Fluoresceín izotiokyanát (FITC) je fluorofór, ktorý reaguje s aminoskupinami. Pri označovaní peptidu na jeho N-konci pomocou FITC sa bežne vkladá medzerník ako -alanín alebo Ahx. FITC má vlnovú dĺžku excitácie 490 nm a emisiu pri 520 nm.

9-Fluorenylmetyl je v zásade labilná ochranná skupina používaná na O- a S-ochranu.

FMK, fluórmetylketón, je ireverzibilný inhibítor RSK2 kinázy.

9-Fluorenylmetoxykarbonyl (Fmoc), chrániaca skupina aminoskupiny pri syntéze FMOC na pevnej fáze, sa môže odstrániť pomocou 20 % piperidínu/DMF.

Formyl je indolová ochranná skupina používaná v Boc-SPPS. Trp(For) sa štiepi HF v prítomnosti merkaptánu alebo zásadami, ako je piperidín.

Prenos fluorescenčnej rezonančnej energie (FRET) je prenos nežiarivej energie z excitovaného fluorofóru (donora) na vhodný akceptor (zhášač). Prenos závisí od vzdialenosti, orientácie dipólu a spektrálneho prekrytia donoru a akceptora. V substrátoch FRET sú fluorofór a zhášač prepojené prostredníctvom peptidového reťazca. Enzymatické štiepenie zvyšuje fluorescenciu separáciou donoru a akceptora.

Fluorescencia je svetlo vyžarované látkou, ktorá absorbuje svetlo alebo iné elektromagnetické žiarenie. K tomu dochádza, keď molekuly nazývané fluorofory absorbujú fotóny špecifickej vlnovej dĺžky, sú excitované a potom emitujú fotóny a vracajú sa do svojho základného stavu. Vyžarované svetlo má typicky dlhšiu vlnovú dĺžku a nižšiu energiu ako absorbované svetlo, výsledkom čoho je charakteristické fluorescenčné spektrum. Tento jav je široko používaný na rôzne vedecké a medicínske účely, vrátane mikroskopie, prietokovej cytometrie a fluorescenčnej spektroskopie.

Gastrický inhibičný polypeptid (GIP), tiež známy ako inzulínotropný peptid závislý od glukózy, patrí do skupiny hormónov sekretínov. Stimuluje sekréciu inzulínu, inhibuje sekréciu žalúdočnej kyseliny a zohráva kľúčovú úlohu pri regulácii sekrécie inzulínu a homeostázy glukózy.

L- -Karboxyglutámová kyselina (Gla) sa tvorí posttranslačnou karboxyláciou kyseliny glutámovej, výsledkom čoho sú proteíny schopné viazať ióny vápnika, ako je napríklad osteokalcín. Peptidy obsahujúce Gla sa ideálne syntetizujú pomocou syntézy peptidov na pevnej fáze Fmoc (SPPS), pretože Gla môže podstúpiť dekarboxyláciu za vzniku kyseliny glutámovej v prítomnosti silných kyselín.

Peptidy podobné glukagónu sú členmi glukagónovej superrodiny peptidových hormónov odvodených z C-terminálnej oblasti proglukagónu. Primárne sú syntetizované črevnými L bunkami.

Hormón uvoľňujúci gonadotropín (LHRH) je dekapeptidový hormón produkovaný v hypotalamických neurosekrečných bunkách a uvoľňovaný v pulzných vzplanutiach do hypofýzového portálneho obehu. Pulzujúca sekrécia je rozhodujúca pre reprodukčné funkcie, sexuálny vývoj a diferenciáciu.

Hormón uvoľňujúci rastový hormón (GHRH), tiež známy ako somatorelín, je hypotalamický peptidový hormón, ktorý stimuluje hypofýzu, aby uvoľňovala a syntetizovala rastový hormón.

Hormón uvoľňujúci rastový hormón (GHRH), tiež známy ako somatorelín, je hypotalamický peptidový hormón, ktorý stimuluje hypofýzu, aby uvoľňovala a syntetizovala rastový hormón.

Ľudský leukocytový antigén (HLA) označuje skupinu proteínov nachádzajúcich sa na povrchu buniek, ktoré zohrávajú kľúčovú úlohu pri rozpoznávaní cudzích látok imunitným systémom. Sú kódované génmi hlavného histokompatibilného komplexu (MHC) u ľudí a sú nevyhnutné na prezentáciu antigénov T bunkám, čo umožňuje imunitnému systému rozlišovať medzi vlastnými a cudzími bunkami. Molekuly HLA sú vysoko rozmanité a polymorfné a významne prispievajú k individuálnym imunitným reakciám a náchylnosti na autoimunitné ochorenia a odmietnutie transplantátu.

2-hydroxy-4-metoxybenzyl je v kyslom prostredí labilná formamidová ochranná skupina používaná na reverzibilnú modifikáciu hlavného reťazca pri syntéze peptidov. Je začlenený ako aminokyselina alebo dipeptid Fmoc-Hmb (Fmoc-Xaa-HmbYaa-OH) počas syntézy Fmoc peptidu na pevnej fáze (SPPS), čím zabraňuje agregácii a umožňuje účinné predlžovanie peptidu. Hmb tiež pomáha pri cyklizačných reakciách a zabraňuje tvorbe asparagínu.

L-Homoarginín je homológ L-arginínu, skrátene Har, a možno ho nájsť v plazme a moči. Homoarginín je výsledkom guanidinácie lyzínu, ktorá sa môže uskutočniť aj na peptidoch a proteínoch.

Homocitrulín je homológ L-citrulínu, skrátene Hci, a možno ho zistiť v ľudskom moči.

L-homocysteín je homológ cysteínu, skrátene Hcy, a vzniká demetyláciou metionínu. Zvýšená hladina Hcy v krvi je rizikovým faktorom kardiovaskulárnych a neurodegeneratívnych ochorení. Na rozdiel od derivátov Cys, deriváty Hcy počas kopulácie neracemizujú ani neeliminujú.

Homológy L-leucínu, skrátene Hle.

Homofenylalanín, homológ fenylalanínu, skrátene Hph, je súčasťou inhibítorov ACE a renínu. Fmoc-Homophe-OH je potenciálne protizápalové liečivo.

L-homoprolín alebo kyselina L-pikolová, skrátene Pip alebo Hpr. Prolínový homológ Hpr je degradačným produktom L-lyzínu. Oba enantioméry možno detegovať v ľudskej plazme. Pretože prolínové zvyšky silne ovplyvňujú konformáciu peptidu, nahradenie Pro Hpr (alebo azetidín-2-karboxylovej kyseliny (Aze)) môže modulovať jeho sekundárnu štruktúru.

L-transhydroxyprolín vzniká posttranslačne oxidáciou prolínu. Hyp je hlavnou zložkou kolagénu a proteínu mušlí.

Izoserín, izomér L-serínu, je -aminokyselina.

ivDde, skupina chrániaca aminoskupinu, môže byť zbavená chrániacej skupiny a odštiepená 2% hydrátom hydrazínu v DMF. ivDde je stabilnejší ako Dde pri častom opakovanom liečení piperidínom počas Fmoc-SPPS. Nco-ivDde možno selektívne odstrániť z Dap, Dab Orn alebo Lys, čo umožňuje postsyntetickú modifikáciu Nco-aminoskupiny na živici.

Keyhole limpet hemocyanin (KLH) je veľký multipodjednotkový metaloproteín nesúci kyslík, ktorý sa nachádza v hemolymfe obrovského hemocyanínu prílipky. Ako nosič antigénu KLH zvyčajne zvyšuje imunogenicitu a schopnosť fixovať antigén spojením cieľových polypeptidových sekvencií, čím významne podporuje tvorbu účinných, špecifických a funkčných protilátok.

Hormón uvoľňujúci luteinizačný hormón (LHRH alebo GnRH) je dekapeptidový hormón syntetizovaný neurosekrečnými bunkami v hypotalame a uvoľňovaný pulzačne do hypofýzového portálneho obehu. Pulzujúca sekrécia je rozhodujúca pre reprodukčnú funkciu, sexuálny vývoj a diferenciáciu.

Pri navrhovaní a syntéze peptidov môžu výskumníci vložiť linker medzi biotín alebo fluorescenciu a peptidy. Bežným hydrofóbnym spacerom je kyselina aminohexánová (Ahx) a bežným hydrofilným spacerom je poly(etylén)glykol (PEG).

Proces lyofilizácie, ktorý odstraňuje kvapalinu z materiálov citlivých na teplo. Materiál sa zmrazí, umiestni do vysokého vákua a udržiava sa pri nízkych teplotách. Tlak vytvorený vákuom spôsobuje, že ľad prechádza z pevného do plynného skupenstva bez toho, aby prešiel cez kvapalné skupenstvo. Peptidy sa zvyčajne dodávajú ako lyofilizovaný prášok.

Kvapalinová chromatografia-hmotnostná spektrometria je všestranná analytická technika, ktorá integruje kvapalinovú chromatografiu s hmotnostnou spektrometriou, aby poskytla podrobné informácie o zložení a štruktúre molekúl v komplexných vzorkách.

Viacnásobné antigénne peptidy. Viacnásobný antigénny peptid je jedným z účinných spôsobov produkcie antipeptidových protilátok s vysokým titrom a syntetických peptidových vakcín.

Hmotnostná spektrometria s laserovou desorpciou/ionizáciou za pomoci matrice (MALDI-MS) je analytická technika používaná na meranie pomeru hmotnosti k náboju iónov. Je obzvlášť užitočný na analýzu biomolekúl, ako sú peptidy, proteíny a polyméry.

Hmotnostná spektrometria (MS) je výkonná analytická technika používaná na meranie pomeru hmotnosti k náboju (m/z) iónov.

4-Metoxy- -naftylamid, skrátene MNA, je fluorofór, ktorý je zvyčajne pripojený ku karboxypeptidázovému substrátu na C-konci. Odštiepená 4M NA excituje pri 335-350 nm a vyžaruje pri 410-440 nm

Metoxybenzénsulfonyl (Mbs) je guanidylová ochranná skupina používaná pri syntéze peptidov na pevnej fáze na báze Boc (Boc-SPPS). Táto ochranná skupina môže byť odstránená štiepením s fluorovodíkom (HF).

4-Metylbenzyl (Mbzl) je sulfhydrylová ochranná skupina používaná pri syntéze peptidov na pevnej fáze na báze Boc (Boc-SPPS). Mbzl je stabilnejší ako metoxybenzyl (Mob) pri častých úpravách kyselinou trifluóroctovou (TFA) a možno ho odstrániť štiepením fluorovodíkom (HF).

Kyselina (7-metoxykumarín-4-yl)octová (Mca) je fluorofór, ktorý môže byť spojený s aminoskupinou.
Mca sa viaže na dinitrofenyl (Dnp) pre substráty na prenos fluorescenčnej rezonančnej energie (FRET). Excitačná vlnová dĺžka je 325 nm a emisná vlnová dĺžka je 392 nm.

Melanín-koncentrujúci hormón (MCH) je cyklický neuropeptid prvýkrát izolovaný z rýb a potkanov. MCH sa primárne podieľa na regulácii pigmentácie kože u teleostových rýb a pri kŕmení u cicavcov.

Metyl, najjednoduchší alkylový substituent, sa podieľa na N-, O- a S-metylácii, ktoré predstavujú trvalé modifikácie peptidu.

3-Metoxysukcinyl, zodpovedajúci deaminovanému Asp(OMe), je polárna N-koncová blokujúca skupina bežne inkorporovaná do karboxypeptidázových substrátov.

Metylácia je posttranslačná modifikácia (PTM) peptidov a proteínov, kde sa metylová skupina (-CH3) enzymaticky pridáva k špecifickým aminokyselinovým zvyškom, bežne lyzínu (Lys), arginínu (Arg), histidínu (His) alebo glutamátu ( Glu). Táto modifikácia môže významne ovplyvniť funkciu proteínu, stabilitu a interakcie s inými molekulami, čím hrá kľúčovú úlohu pri regulácii rôznych bunkových procesov vrátane génovej expresie, signálnej transdukcie a interakcií proteín-proteín.

Hlavný histokompatibilný komplex (MHC) je genetická oblasť obsahujúca gény, ktoré kódujú molekuly MHC. Tieto molekuly hrajú kľúčovú úlohu v imunitnom systéme a pri autoimunite. U ľudí je tento komplex známy aj ako systém ľudského leukocytového antigénu (HLA).

Molekuly MHC triedy I (MHC I) sú proteíny na bunkových povrchoch, ktoré prezentujú peptidy z vnútra bunky do cytotoxických T buniek. To pomáha imunitným bunkám rozpoznať a zničiť infikované alebo abnormálne bunky, ktoré sú kľúčové pre imunitnú obranu proti patogénom a rakovine.

Molekuly MHC triedy II (MHC II) sú proteíny bunkového povrchu, ktoré prezentujú pomocným T bunkám peptidy odvodené od cudzích látok. Táto interakcia je nevyhnutná pre koordináciu imunitných reakcií a aktiváciu iných imunitných buniek proti patogénom.

Monometylovaný arginín (MMA) je posttranslačná modifikácia, pri ktorej sa ku guanidínovému dusíku arginínového zvyšku v peptide alebo proteíne enzymaticky pridá jedna metylová skupina (-CH3).

3-merkaptopropylamín sa môže použiť ako peptidový ligand alebo modifikátor v rôznych biochemických a biomedicínskych aplikáciách.

Myristoylácia je proces modifikácie lipidov, pri ktorom je myristoylová skupina pozostávajúca z 14-uhlíkovej nasýtenej mastnej kyseliny kovalentne pripojená k N-koncu peptidu. Táto modifikácia slúži na ukotvenie proteínu k bunkovej membráne, čím sa uľahčuje jeho lokalizácia a účasť na rôznych bunkových procesoch.

-(1-naftyl)-L-alanín je nepolárny derivát aminokyseliny podobný fenylalanínu, ale s naftylovou skupinou namiesto fenylovej skupiny.

-(2-Naftyl)alanín je nepolárny derivát aminokyseliny podobný fenylalanínu, ale s naftylovou skupinou namiesto fenylovej skupiny.

3-nitrobenz-2-oxa-1, 3-diazol (NBD) sa zvyčajne zavádza konjugáciou činidla NBD-Cl na peptid. Peptidy značené NBD sú široko vyberané pre svoju užitočnosť v štúdiách zameraných na membrány a bunkovú biológiu.

N-etylamid možno považovať za dekarboxylovanú formu C-koncového alanínu. V agoniste LHRH buserelínu slúži NHEt ako analóg C-koncového glycínamidu. Peptid N-etylamid je odolný voči degradácii karboxypeptidázami.

L-norleucín (Nle) je stabilný izoster L-metionínu. Keď je biologická aktivita peptidu ohrozená v dôsledku tvorby sulfoxidu, Nle môže byť nahradené Met bez toho, aby sa typicky zmenilo jeho funkčné správanie.

NOTA, 1,4,7-triazacyklononán-1,4,7-kyselina trioctová, je bifunkčný chelátor, ktorý slúži ako základ pre konštrukciu PET zobrazovacích nástrojov. Používa sa tiež pri navrhovaní sond a amplifikácii signálu prostredníctvom multivalentných účinkov a má potenciálne aplikácie ako diagnostické gálium rádiofarmakum.

N-Me zvyčajne označuje N-metyláciu, chemickú modifikáciu, pri ktorej je metylová skupina (-CH3) pripojená k atómu dusíka v molekule, ako je N-Me-Gly, N-Me-Ser, N-Me -Tyr, N-Me-Thr, N-Me-Asp, N-Me-Glu, N-Me-Ala, N-Me-Phe, N-Me-Leu, N-Me-Ile, N-Me -Val, N-Me-Met, N-Me-Nle, N-Me-Nva atď.

NODAGA,1,4,7-triazacyklononán,1-kyselina glutarová-4,7-kyselina dioctová, je vynikajúci bifunkčný chelátor pre návrh a vývoj organokovových rádiofarmák, ktoré ponúkajú významné potenciál pre aplikácie v diagnostickom zobrazovaní a cielenej rádioterapii.

2-Nitrofenyltio (Nps) je S-ochranná skupina používaná pri syntéze peptidov na pevnej fáze na báze Boc (Boc-SPPS). Môže byť štiepený tiolmi, konkrétne cez voľnú sulfhydrylovú skupinu cysteínu (Cys), čo vedie k súčasnej tvorbe disulfidovej väzby.

Neuropeptid Y (NPY) je významný neuropeptid v mozgu a je súčasťou rodiny neuropeptidov Y, ktorá zahŕňa pankreatický polypeptid (PP) a peptid YY (PYY).

2-Nitro-2-pyridylsulfenyl (Npys) je S-ochranná skupina, ktorá je kompatibilná so syntézou peptidov na pevnej fáze na báze Boc (Boc-SPPS). Npys môže byť štiepený tiolmi, konkrétne cez voľnú sulfhydrylovú skupinu cysteínu (Cys), čo vedie k súčasnej tvorbe disulfidovej väzby.

Norvalín je nepolárna alifatická aminokyselina a homológ kyseliny -aminomaslovej (Abu).

-Naftylamid je fluorofór bežne používaný v karboxypeptidázových substrátoch, typicky spojený na C-konci peptidov. Odštiepená NA excituje pri 330 nm a emituje pri 370 nm.

-Naftylamid je fluorofór bežne používaný v karboxypeptidázových substrátoch, typicky spojený na C-konci peptidov. Odštiepená NA pri 320-340 nm, emisia pri 410-420 nm.

Allylester je karboxylová ochranná skupina, ktorá je kompatibilná so syntézou peptidov na pevnej fáze na báze Fmoc aj Boc (SPPS). Podobne ako Aloc, alylové estery môžu byť selektívne odstránené pôsobením Pd(PPh3)4. Vo Fmoc-SPPS je Asp(OAll) náchylný na tvorbu aspartimidu katalyzovanú bázou.

Benzylester, karboxylová ochranná skupina, sa môže odstrániť katalytickou hydrogenáciou (napr. H2/Pd) alebo silnými kyselinami.

OcHex je štandardná karboxylová ochranná skupina používaná pri syntéze peptidov na pevnej fáze na báze Boc (Boc-SPPS).

4-(N-[1(4,4-dimetyl-2,6-dioxocyklohexylidén)-3-etylbutyl]amino)benzylester (ODmab) je karboxylová ochrana skupina používaná pri syntéze peptidov na pevnej fáze na báze Fmoc (Fmoc-SPPS). Môže sa odštiepiť a zbaviť chrániacej skupiny použitím 2% hydrátu hydrazínu v DMF.

2,4-dimetoxybenzylester je v kyslom prostredí labilná karboxylová ochranná skupina, ktorú je možné odstrániť použitím 1 % TFA v dichlórmetáne.

Etylester, Vzhľadom na prísne podmienky potrebné na odstránenie etylesterov, modifikácia peptidov etylestermi môže zvýšiť ich lipofilitu a stabilitu.

9-Fluorenylmetylester je v zásade labilná karboxylová ochranná skupina, ktorú možno odstrániť pomocou piperidínu v DMF.

Hexylestery, Vzhľadom na prísne podmienky potrebné na odstránenie etylesterov, modifikácia peptidov etylestermi môže zvýšiť ich lipofilitu a stabilitu.

Kyselina L-otahydroindol-2-karboxylová (Oic) je nepolárna bránená aminokyselina. Inzercia tejto aminokyseliny príbuznej prolínu do polypeptidovej sekvencie silne ovplyvňuje konformáciu peptidu.

Metylestery sú semipermanentné C-koncové ochranné skupiny v syntéze v kvapalnej fáze a môžu sa premeniť na peptidové hydrazidy, prekurzory reaktívnych peptidových azidov. Azidová väzba zostáva najpopulárnejšou metódou spájania fragmentov v syntéze peptidov v kvapalnej fáze.

3-Metylpent-3-ylester (OMpe) je v kyslom prostredí labilná karboxylová ochranná skupina, ktorá sa často používa na ochranu karboxylovej skupiny kyseliny asparágovej (Asp) pri syntéze peptidov na pevnej fáze na báze Fmoc (Fmoc-SPPS Tento stéricky náročnejší analóg terc-butylesteru bol vyvinutý špeciálne na zníženie tvorby asparagimidu katalyzovaného bázou.

Orto-nitrofenylestery Boc- alebo Z-aminokyselín sú vopred aktivované deriváty používané pri syntéze peptidových roztokov.

Ornitín (Orn) sa vyrába z arginínu počas cyklu močoviny a možno ho tiež pozorovať v peptidoch ako produkt degradácie arginínu. Tvorba ornu prostredníctvom acylácie guanidínovej časti arginínu je bežnou vedľajšou reakciou pri syntéze peptidov.

Hydroxysukcínimidový ester (OSu, skrátene NHS) je predaktivovaný aminokyselinový derivát, ktorý sa bežne používa pri syntéze peptidov, najmä pri modifikácii peptidov. OSu estery sú bezpečné, nesterické, kompatibilné s vodnými systémami a ľahko sa s nimi manipuluje.

Terc-butylester, kyslá labilná karboxylová ochranná skupina pre aminokyseliny pri syntéze peptidov.

4-kyselina aminobenzoová (kyselina para-aminobenzoová), Môže sa použiť na syntézu spojok konjugátu protilátka-liečivo. Napríklad Mal-PEG2-Val-Cit-PABA je spojovník konjugátu s liečivom štiepiteľnej protilátky (ADC).

PABC (para-aminobenzylkarbamát) je chemická zlúčenina používaná pri syntéze konjugátov protilátka-liečivo (ADC) ako linker. Uľahčuje pripájanie liečiv k protilátkam kontrolovaným spôsobom, čo umožňuje cielené dodávanie liečiv pri terapiách rakoviny a iných biomedicínskych aplikáciách. Napríklad Mc-Val-Cit-PABC-PNP je katepsínom štiepiteľný linker používaný v konjugátoch protilátka-liečivo (ADC).

Polypeptid aktivujúci adenylát cyklázu hypofýzy (PACAP) je vysoko konzervovaný neuropeptid, ktorý je výrazne exprimovaný v mozgu cicavcov. Svoje biologické účinky uplatňuje zvýšením intracelulárnych hladín cyklického AMP prostredníctvom interakcie s receptorom.

Palmitoyl, nepolárna acylová skupina zavedená na N-konci alebo strane. Palmitoylácia bola tiež pozorovaná ako posttranslačná modifikácia proteínov.

Fenylacetamid metyl živica je živica navrhnutá špeciálne pre syntézu peptidov na pevnej fáze na báze Boc (Boc-SPPS). Peptidy syntetizované na tejto živici môžu byť uvoľnené pomocou HF štiepenia.

V konjugátoch protilátka-liečivo (ADC) spojka spája protilátku s cytotoxickým nákladom. Výber užitočného zaťaženia je kritický, pretože určuje účinnosť a špecifickosť ADC pri dodávaní terapie do cieľových tkanív prostredníctvom špecifických mechanizmov uvoľňovania.

2,2,4,6,7-Pentametyldihydrobenzofurán-5-sulfonyl (Pbf) je výhodná guanidínová ochranná skupina používaná pri syntéze peptidov na pevnej fáze na báze Fmoc (Fmoc-SPPS). V porovnaní s Pmc vykazuje mierne vyššiu kyslú labilitu.

Penicilamín je analóg L-cysteínu charakterizovaný substitúciou metylovej skupiny (-CH3) karboxylovou kyselinou (-COOH).

Samozostavenie peptidov je, keď sa peptidy prirodzene usporiadajú do usporiadaných štruktúr bez vonkajšieho zásahu. tento proces je poháňaný nekovalentnými interakciami, ako je vodíková väzba, hydrofóbne interakcie, elektrostatické sily a vrstvenie π-π. Samozostavenie peptidov môže viesť k vytvoreniu rôznych nanoštruktúr vrátane vlákien, guľôčok, listov a gélov, ktoré majú uplatnenie v materiálovej vede, biotechnológii a medicíne.

Fenylacetyl (Phenylac alebo Phac) je acylová skupina typicky viazaná na N-konci peptidov, vyznačujúca sa nižšou polaritou v porovnaní s acetylom (Ac). Predstavuje trvalú modifikáciu peptidov.

fenylglycín (Phg) je derivát aminokyseliny, kde fenylová skupina nahrádza atóm vodíka v molekule glycínu

Peptid histidín izoleucín (PHI), prasací peptid príbuzný VIP a sekretínu.

Peptid histidín metionín (PHM), ľudský peptid príbuzný VIP.

Izoelektrický bod (pI) je definovaný ako hladina pH, pri ktorej má proteín/peptid čistý náboj nula (Smoluch et al., 2016).

2,2,5,7,8-Pentametylchroman-6-sulfonyl (Pmc) je guanidinylová ochranná skupina bežne používaná pri syntéze peptidov na pevnej fáze na báze Fmoc (Fmoc-SPPS). Je známe, že je o niečo menej labilný voči kyselinám v porovnaní s Pbf.

p-nitroanilín, chromofor, je typicky konjugovaný na C-koniec karboxypeptidázových substrátov. Absorpcia uvoľneného p-nitroanilínu sa bežne meria pri vlnových dĺžkach okolo 405 alebo 410 nm.

L-propargylglycín (Pra) je produkovaný mikroorganizmami. Táto aminokyselina, charakteristická svojou štruktúrou s trojitými väzbami, je vysoko považovaná za základnú jednotku pre syntézu peptidov schopných zapojiť sa do reakcií „cvakacej chémie“, čím si v tejto oblasti získava významnú pozornosť.

Parathormón (PTH) je peptidový hormón uvoľňovaný prištítnymi telieskami, rozhodujúci pre udržanie homeostázy vápnika a fosforu v extracelulárnej tekutine.

Posttranslačné modifikácie (PTM) proteínov pridávajú funkčné skupiny alebo proteíny, štiepia regulačné podjednotky alebo rozkladajú celé proteíny. Tieto zmeny, ako je fosforylácia, glykozylácia, metylácia, acetylácia, lipidácia, ubikvitinácia, nitrozylácia a proteolýza, ovplyvňujú normálne fungovanie buniek a počas choroby. Pochopenie PTM je kľúčové pre základný výskum a hľadanie nových liečebných postupov.

kyselina pyroglutámová, známa aj pod skratkami ako Pgl, Glp, pGlu, príp

fenylazobenzylmetoxykarbonyl je chromoforická N-chrániaca skupina používaná pri syntéze peptidov, štiepiteľná katalytickou hydrogenáciou alebo silnou kyselinou. Vykazuje maximálne absorpčné vlnové dĺžky pri 229 nm, 320 nm a 441 nm.

Pár zoslabovača pozostáva z fluorescenčnej molekuly (fluorofóru) a molekuly zoslabovača používanej vo výskume a testoch na báze fluorescencie. Tlmič absorbuje svetlo vyžarované fluorofórom, čím znižuje jeho fluorescenciu. Keď sa fluorofór a zhášač oddelia, napríklad biochemickou reakciou, fluorescenčný signál sa zvýši. To umožňuje výskumníkom merať zmeny a interakcie v reálnom čase. Táto technika sa bežne používa v aplikáciách, ako je real-time PCR, molekulárne sondy a testy FRET (Förster Resonance Energy Transfer).

Fluór-18 je rádioligand bežne používaný v PET zobrazovaní na hodnotenie metabolizmu glukózy v tkanivách a bežne sa používa pri diagnostike rakoviny a zobrazovaní mozgu.

Náhodná peptidová knižnica je súbor mnohých krátkych peptidových sekvencií generovaných náhodne. Každý peptid v knižnici má špecifický počet aminokyselín s náhodne určenými sekvenciami, čím sa vytvára rôznorodá škála peptidových molekúl. Výskumníci používajú tieto knižnice na skríning peptidov so špecifickými vlastnosťami, biologickými aktivitami alebo interakciami s cieľovými molekulami. Sú obzvlášť užitočné pri objavovaní liekov, imunológii a štúdiách interakcií proteín-proteín, pomáhajú identifikovať nové terapeutiká a pochopiť zložité biologické procesy.

Zvyšok je individuálna aminokyselina v peptide alebo proteíne. Keď sa aminokyseliny spájajú prostredníctvom peptidových väzieb, aby vytvorili tieto reťazce, každá aminokyselinová jednotka sa nazýva zvyšok. Tento výraz sa používa, pretože počas tvorby peptidovej väzby každá aminokyselina stráca molekulu vody (H2O), pričom zanecháva to, čo sa označuje ako zvyšok.

Živica je nerozpustný polymér používaný pri syntéze peptidov v tuhej fáze (SPPS) ako pevný nosič pre kontinuálne pridávanie aminokyselín. Živicové guľôčky poskytujú stabilný a inertný povrch, ku ktorému sú kovalentne pripojené počiatočné aminokyseliny, čo umožňuje zostavenie peptidového reťazca po zvyškoch.

Rodamín B je svetloružové až červené farbivo s vlnovou dĺžkou excitácie zvyčajne okolo 540-570 nm a rozsahom emitovaného svetla 560-580 nm. Zvyčajne je konjugovaný s peptidovou sekvenciou prostredníctvom N-koncovej aminoskupiny peptidu

Vysokovýkonný kvapalinový chromatograf s reverznou fázou.

Lieky so vzťahom medzi štruktúrou a aktivitou (SAR) sa vyvíjajú štúdiom vzťahu medzi chemickou štruktúrou lieku a jeho biologickou aktivitou.

Sarkozín, najjednoduchšia N-alkylovaná aminokyselina.

Symetrický dimetylarginín (SDMA, Arg(Me)2), Fmoc-Arg(Me)2-OH (symetrický) možno priamo použiť na syntézu peptidov obsahujúcich symetrický dimetylarginín.

Syntéza peptidov na pevnej fáze (SPPS) je metóda chemickej syntézy peptidov, pri ktorej sa peptidy postupne zostavujú na pevný podklad alebo živicu postupným pridávaním chránených aminokyselín. SPPS zahŕňa dve stratégie: Fmoc-SPPS a Boc-SPPS, ktoré sa líšia vo výbere skupín chrániacich N-aminoskupinu (Fmoc alebo Boc) a skupín chrániacich postranný reťazec. Typ vybranej N-amino ochrannej skupiny určuje stratégiu ochrany bočného reťazca a podmienky pre konečné odštiepenie peptidu zo živice.

Statín, skrátene Sta, je neproteínová aminokyselina, ktorá sa často používa pri navrhovaní peptidových mimetík, najmä pri syntéze inhibítorov proteáz.

Terc-butyltio (StBu) je S-ochranná skupina, ktorá sa štiepi redukciou fosfínu a je kompatibilná s Boc-SPPS.

Sukcinyl je polárna N-koncová modifikácia, ktorá zodpovedá deaminovanému aspartátu a je typicky inkorporovaná do karboxypeptidázových substrátov.

TAMRA, tiež skrátene TMR, je fluorofór, ktorý môže byť pripojený k aminoskupine. Často sa používa v kombinácii s FAM pre FRET substráty. TAMRA má vlnovú dĺžku excitácie 485 nm a vlnovú dĺžku emisie 535 nm.

Terc-butyl je v kyslom prostredí labilná ochranná skupina bežne používaná pre alkoholy a fenoly, ktorú možno odštiepiť pomocou kyseliny trifluóroctovej (TFA).

Trietylamóniumfosfát je tlmivý roztok používaný v mobilných fázach HPLC s reverznou fázou.

Kyselina trifluóroctová (TFA) sa použila na štiepenie peptidu zo živice vo Fmoc-SPPS a na odstránenie ochranných skupín odvodených od tBu.

Kyselina trifluórmetánsulfónová (TFMSA) je silnejšia kyselina ako TFA. TFMSA sa môže použiť ako bezpečnejšia alternatíva k vysoko toxickému HF pre konečný krok štiepenia stratégie Boc-SPPS.

L-terc-leucín (Tle) je nepolárna aminokyselina so stericky náročnými bočnými reťazcami, ktorá destabilizuje -helixy.

2,4,6-Trimetoxybenzyl je v kyslom prostredí labilná Asn a Gln amidová ochranná skupina používaná vo Fmoc-SPPS.

Tosyl sa používa ako ochranná skupina pre guanidín a imidazol v Boc-SPPS a môže sa odstrániť pomocou Na/NH3

Trityl (Trt) je v kyslom prostredí labilná ochranná skupina používaná pre Asn, Cys, Gin a His zvyšky vo Fmoc-SPPS. Môže sa selektívne odstrániť pomocou kyseliny trifluóroctovej (TFA).

Čisté peptidy typicky existujú v stave bieleho prášku po lyofilizácii.

Vazoaktívny črevný peptid (VIP) je 28-aminokyselinový peptid patriaci do superrodiny glukagón-ghrelín-sekretínových peptidov.

9-Xanthydryl (Xan) je v kyslom prostredí labilná amidová ochranná skupina používaná pre Asn a Gln zvyšky v Boc-SPPS. Xan môže byť selektívne odstránený pomocou TFA.

Keď je peptid označený fluoresceínom FAM, lyofilizovaný prášok má typicky žltý vzhľad.

Z-benzyloxykarbonyl, skrátene Z alebo Cbz, sa používa ako ochranná skupina aminoskupiny pri syntéze peptidov. Môže sa odstrániť pomocou hydrogenolýzy alebo silných kyselín, ako je čistý HF alebo HBr/kyselina octová.