Prispôsobená syntéza peptidov má širokú škálu aplikácií v rôznych oblastiach, vrátane:
1. Biochemický a biologický výskum: Syntetické peptidy môžu slúžiť ako dôležité nástroje v biochemických a biologických experimentoch na štúdium funkcie proteínov, bunkovej signalizácie a pod.
2. Farmakológia a molekulárna medicína: Prispôsobené peptidy možno použiť na vývoj liekov, ako potenciálnych kandidátov na lieky alebo na prípravu modelov chorôb.
3. Biotechnológia: V biotechnologickom priemysle sa prispôsobené peptidy bežne používajú na vysokovýkonný skríning, prípravu bunkových kultivačných médií a vývoj činidiel pre biologickú analýzu.