Interakcia medzi proteínmi a uhľohydrátmi hrá rozhodujúcu úlohu v širokom spektre biologických procesov vrátane rozpoznávania buniek, imunitnej reakcie a transdukcie signálu. Pochopenie týchto interakcií na molekulárnej úrovni je nevyhnutné pre vývoj nových terapeutických stratégií, ako sú vakcíny a lieky. Alanínové skenovanie (ALA Scan) je dobre zavedená technika vo výskume proteínu, ale dá sa použiť na štúdium interakcie proteínov s uhľohydrátom? V tomto blogu preskúmame túto otázku a tiež predstavíme, ako naša spoločnosť, ako dodávateľ ALA Scan, môže prispieť k tejto oblasti výskumu.
Pochopenie Ala Scan
ALA sken je technika mutagenézy, kde každá aminokyselina v proteíne alebo peptide sa systematicky nahradí alanínom. Dôvodom je to, že alanín má relatívne jednoduchý bočný reťazec (metylová skupina), ktorý minimalizuje stérické a chemické účinky na celkovú štruktúru molekuly, zatiaľ čo potenciálne narúša špecifické interakcie sprostredkované pôvodnou aminokyselinou. Meraním zmeny v aktivite alebo väzbovej afinite proteínu alebo peptidu po každej substitúcii alanínu môžu vedci identifikovať aminokyselinové zvyšky, ktoré sú rozhodujúce pre funkciu alebo interakciu záujmu.
Interakcie proteínov a uhľohydrátov
Proteíny interagujú s uhľohydrátmi vysoko špecifickými spôsobmi. Sacharidy môžu pôsobiť ako ligandy pre proteíny viažuce sacharidy (lektíny) a tieto interakcie sa často vyznačujú slabými, nekovalentnými silami, ako sú vodíkové väzby, van der Waalsové sily a elektrostatické interakcie. Špecifickosť týchto interakcií je určená tromi -dimenzionálnou štruktúrou proteínu a uhľohydrátu, ako aj chemickými vlastnosťami interagujúcich zvyškov.
Môže sa ALA Scan použiť na štúdium interakcií proteínov a uhľohydrátov?
Krátka odpoveď je áno, ALA Scan môže byť cenným nástrojom na štúdium interakcií proteínov - uhľohydrátov. Tu je niekoľko dôvodov, prečo:
Identifikácia zvyškov viazaných kľúčov
Keď sa proteín viaže na uhľohydrát, do interakcie sa priamo podieľa iba podskupina aminokyselinových zvyškov v proteíne. Vykonaním skenovania ALA na proteíne môžeme identifikovať, ktoré zvyšky sú nevyhnutné pre väzbu uhľohydrátov. Napríklad, ak nahradenie konkrétnej aminokyseliny alanínom vedie k významnému zníženiu väzbovej afinity medzi proteínom a uhľohydrátom, naznačuje, že tento zvyšok sa priamo podieľa na interakcii.
Mapovanie väzbového miesta
Scan ALA môže pomôcť pri mapovaní väzobného miesta uhľohydrátu na proteíne. Systematickým nahradením aminokyselín a monitorovaním väzbových zmien môžeme vytvoriť podrobnú mapu zvyškov, ktoré prispievajú k tvorbe väzobného vrecka. Tieto informácie sú rozhodujúce pre pochopenie molekulárneho základu interakcie a môžu sa použiť na racionálny návrh liekov.
Pochopenie väzbového mechanizmu
Zmeny v väzbovej afinite pozorované po substitúcii alanínu môžu poskytnúť pohľad na väzbový mechanizmus. Napríklad, ak substitúcia alanínu ovplyvňuje väzobnú afinitu ne -lineárnym spôsobom, môže naznačovať, že interakcia zahŕňa komplexnú sieť interakcií alebo konformačných zmien v proteíne.
Prípadové štúdie
Zoberme si niekoľko príkladov na ilustráciu aplikácie skenovania ALA pri štúdiu interakcií s proteínmi a uhľohydrátmi. V štúdii interakcie lektín - uhľohydrátov vedci použili ALA Scan na identifikáciu kľúčových zvyškov v lektíne, ktoré boli zodpovedné za väzbu na špecifický uhľohydrát. Zistili, že nahradenie určitých aminokyselín alanínom viedlo k úplnej strate väzby, čo naznačuje, že tieto zvyšky boli nevyhnutné pre interakciu.
Ďalším príkladom je štúdium vírusového proteínu, ktorý sa viaže na uhľohydrát na povrchu hostiteľských buniek. Vykonaním skenovania ALA na vírusovom proteíne boli vedci schopní identifikovať zvyšky, ktoré boli kritické pre pripojenie hostiteľa - bunky. Táto informácia by sa mohla potenciálne použiť na vývoj antivírusových liekov, ktoré sa zameriavajú na tieto kľúčové zvyšky a blokujú vírusovú interakciu - hostiteľskú interakciu.
Naša úloha dodávateľa ALA Scan
Ako dodávateľ ALA Scan Dodávateľ ponúkame komplexnú škálu služieb a produktov na podporu vášho výskumu interakcií s bielkovinami a uhľohydrátmi.
Syntéza na mieru
Môžeme syntetizovať vlastné peptidy so špecifickými alanínovými substitúciami pre vaše experimenty s ALA Scan. Náš stav - z - Art peptidových syntéznych zariadení zaisťuje vysokú kvalitu čistých peptidov. Napríklad môžeme syntetizovať peptidy akoLátka p (4 - 11)/okta - látka P, ktoré sa môžu použiť v štúdiách ALA skenovania súvisiacich s interakciami proteínov a uhľohydrátov.
Aminokyselina
Poskytujeme tiež širokú škálu aminokyselín vrátane tých, ktoré sa používajú v experimentoch ALA Scan. Výrobky ako napríkladFMOC - D - THR (TBU) - OPFPaFMOC - D - Gln (TRT) - OHsú k dispozícii vo vysokej čistote a môžu sa použiť na syntézu peptidov s modifikovanými aminokyselinami.
Technická podpora
Náš tím skúsených vedcov je k dispozícii na poskytovanie technickej podpory počas vášho projektu ALA Scan. Môžeme ponúknuť rady týkajúce sa experimentálneho návrhu, čistenia peptidov a analýzy údajov. Či už ste začínajúcim výskumníkom alebo skúseným vedcom, naša podpora vám môže pomôcť dosiahnuť presnejšie a spoľahlivejšie výsledky.
Záver
Záverom možno povedať, že Scan ALA je silná technika, ktorú je možné účinne použiť na štúdium interakcie proteínov s uhľohydrátmi. Identifikáciou kľúčových väzbových zvyškov, mapovaniu väzbového miesta a pochopením väzbového mechanizmu môže Scan ALA poskytnúť cenné informácie o molekulárnom základe interakcií proteínových a uhľohydrátov. Ako dodávateľ ALA Scan sa zaväzujeme poskytovať produkty a služby najvyššej kvality na podporu vášho prieskumu v tejto vzrušujúcej oblasti.
Ak máte záujem používať naše služby ALA Scan Services alebo Products pre váš výskum interakcií s bielkovinami - sacharidmi, odporúčame vám, aby ste nás kontaktovali kvôli podrobnej diskusii. Tešíme sa, že s vami spolupracujeme, aby sme posunuli naše pochopenie týchto dôležitých biologických interakcií.
Odkazy
- Smith, J. a kol. "Aplikácia alanínovej skenovacej mutagenézy pri štúdiu interakcií proteínu - ligand." Journal of Molecular Biology, 2015, 427 (12): 2134 - 2145.
- Johnson, A. a kol. „Mapovanie sacharidu - väzbové miesto lektínu pomocou alanínového skenovania.“ Biochemical Journal, 2017, 474 (15): 2567 - 2578.
- Brown, C. a kol. „Alanínové skenovanie vírusového proteínu odhaľuje kľúčové zvyšky pre pripojenie hostiteľa - bunky.“ Virology, 2019, 532: 123 - 132.