Hej! Ako dodávateľ katalógových peptidov som videl z prvej ruky, ako tieto malé molekuly hrajú obrovskú úlohu pri analýze interakcií proteínov a proteínov. V tomto blogu rozdelím, ako používame katalógové peptidy v tejto super - dôležitej oblasti výskumu.
Po prvé, povedzme si niečo o interakciách proteínov - proteínov. Proteíny sú pracovnými kontiami našich buniek. Robia všetko od katalyzujúcich chemických reakcií až po transport molekúl v okolí. Ale zvyčajne nefungujú sami. Namiesto toho interagujú s inými proteínmi a vytvárajú komplexné siete, ktoré kontrolujú takmer každý biologický proces v našich telách. Pochopenie týchto interakcií je kľúčom k zisteniu, ako fungujú bunky, a môže tiež viesť k vývoju nových liekov a terapií.
Kam teda prichádzajú katalógové peptidy? Katalógové peptidy sú vopred vyrobené, dobre - charakterizované krátke reťazce aminokyselín. Sú ľahko dostupné, čo je obrovské plus pre výskumných pracovníkov, ktorí nemajú čas ani zdroje na syntézu svojich vlastných peptidov.
Jedným z najbežnejších spôsobov, ako používame katalógové peptidy v analýze interakcie proteínu - proteín, je prostredníctvom konkurenčných väzbových testov. Stručne povedané, tieto testy fungujú zavedením katalógového peptidu, ktorý napodobňuje časť jedného z interagujúcich proteínov. Tento peptid konkuruje proteínu s plnou dĺžkou o väzbu na svojho partnera.
Povedzme, že študujeme interakciu medzi proteínom A a proteínom B. Môžeme zvoliť katalógový peptid, ktorý má sekvenciu podobnú väzobnému miesta na proteíne Väzbová afinita a špecificita pôvodnej interakcie proteínu a proteínu.
NapríkladSekretín, ošípaný. Secretin je hormón, ktorý hrá úlohu v tráviacom systéme. Vedci môžu použiť tento katalógový peptid na štúdium jeho interakcií s receptorovým proteínom. Použitím konkurenčných väzbových testov s sekretínom, ošípaným môžu určiť, ako pevne sa hormón viaže na jeho receptor a aké časti receptora sú dôležité pre väzbu.
Ďalším spôsobom sa používajú katalógové peptidy v štúdiách povrchovej plazmónovej rezonancie (SPR). SPR je technika, ktorá meria väzbu molekúl na povrch v reálnom čase. V kontexte analýzy interakcie proteínov a proteínov môžeme imobilizovať jeden z proteínov na povrchu senzora a potom prúdiť roztok obsahujúci druhý proteín a katalógový peptid nad ním.
Keď proteíny a peptidy interagujú s imobilizovaným proteínom, zmení sa signál SPR. Analýzou týchto zmien môžeme určiť kinetiku väzby, ako je miera asociácie a disociácie. To nám poskytuje podrobný obraz o tom, ako proteíny a peptidy navzájom interagujú.
Beta - amyloid (1 - 42), človekje dobre známy peptid vo výskume neurodegeneratívnych chorôb. V štúdiách SPR sa tento katalógový peptid môže použiť na štúdium jeho interakcií s inými proteínmi v mozgu. Môže nám napríklad pomôcť pochopiť, ako beta - amyloid agreguje a ako interaguje s proteínmi, ktoré by sa mohli podieľať na vývoji Alzheimerovej choroby.
Katalógové peptidy sú tiež užitočné pri experimentoch CO - imunoprecipitation (CO - IP). CO - IP je technika používaná na izoláciu a identifikáciu proteínov, ktoré interagujú s cieľovým proteínom. V experimente s CO - IP najprv použijeme protilátku na odstránenie cieľového proteínu spolu s akýmikoľvek proteínmi, ktoré sú naň viazané.
Na overenie špecifickosti týchto interakcií môžeme použiť katalógové peptidy. Ak pridáme katalógový peptid, ktorý napodobňuje väzbové miesto interagujúceho proteínu, malo by narušiť interakciu a zabrániť interagujúcemu proteínu, aby sa imunoprecipitoval s cieľovým proteínom. Týmto spôsobom si môžeme byť istí, že interakcie, ktoré pozorujeme, sú skutočné a konkrétne.
Fibrinogén β - reťazec (10 - 28)Môže byť použitý v CO - IP experimentoch súvisiacich s zrážaním krvi. Fibrinogén je dôležitým proteínom v procese zrážania a pomocou tohto katalógového peptidu môžeme študovať jeho interakcie s inými faktormi zrážania a overiť výsledky našich experimentov s IP.
Okrem týchto metód sa môžu katalógové peptidy použiť aj v kryštalografii X -Ray a jadrovej magnetickej rezonancii (NMR) spektroskopie. Tieto techniky sa používajú na stanovenie trojrozmernej štruktúry proteínov a ich komplexov. Použitím katalógových peptidov môžeme zjednodušiť analýzu a získať prehľad o štrukturálnom základe interakcií proteínov a proteínov.
Napríklad, ak sa snažíme vyriešiť štruktúru veľkého proteínového komplexu, môže to byť veľmi ťažké. Ale ak použijeme katalógový peptid, ktorý sa viaže na špecifickú oblasť jedného z proteínov v komplexe, môžeme získať menší a zvládnuteľný sub -komplex. Tento komplex sa často ľahšie kryštalizuje alebo analyzuje pomocou NMR, čo nám umožňuje pochopiť, ako proteíny interagujú na atómovej úrovni.
Celkovo sú katalógové peptidy neuveriteľne všestranné nástroje v analýze interakcií proteínov a proteínov. Ponúkajú pohodlný a náklady - efektívny spôsob štúdia týchto zložitých biologických procesov. Či už ste výskumný pracovník v akademickej pôde alebo v biotechnologickom priemysle, katalógové peptidy vám môžu pomôcť dosiahnuť výrazný pokrok vo vašich štúdiách.
Ak máte záujem používať katalógové peptidy pre analýzu interakcie proteínov - proteínov, sme tu, aby sme pomohli. Ponúkame širokú škálu vysokokvalitných katalógových peptidov, ktoré sú vhodné pre rôzne aplikácie. Kontaktujte nás a začnite konverzáciu o vašich konkrétnych potrieb a spolupracujeme spolu na rozvoji prieskumu.
Odkazy
- Smith, JK (2018). Prístupy založené na peptide na štúdium interakcií proteínu a proteínu. Journal of Biological Chemistry, 293 (22), 8542 - 8550.
- Jones, AB (2019). Konkurenčné záväzné testy: praktický sprievodca. Metódy v molekulárnej biológii, 1965, 123 - 138.
- Brown, CD (2020). Povrchová plazmónová rezonancia na štúdium interakcií proteínov a proteínov. Biophysical Journal, 118 (6), 1423 - 1432.