Existujú dva hlavné spôsoby syntézy peptidovej knižnice: monomérna metóda a submonomérna metóda.
Monomérna metóda
Monomérna metóda je tradičný prístup k syntéze peptidovej knižnice. Pri tejto metóde je potrebné najskôr syntetizovať všetky chránené monoméry a proces syntézy každého chráneného monoméru je ťažkopádny a časovo náročný.
Metóda sekundárneho monoméru
Metóda sekundárneho monoméru nevyžaduje monoméry s chránenými alfa aminoskupinami. Táto metóda pozostáva z dvoch krokov: nukleofilná substitúcia nasledovaná acyláciou. Submonomérna metóda umožňuje použitie akéhokoľvek komerčne dostupného alebo synteticky dostupného amínu s veľkým potenciálom pre kombinatorickú chémiu.