Funkciou ochranných skupín je izolovať špecifické funkčné skupiny počas procesu syntézy, chrániť ich pred interferenciou a odstrániť ochranné skupiny až po dokončení špecifických reakcií, aby sa obnovila aktivita cieľovej molekuly. Proces odstraňovania ochranných skupín zvyčajne vyžaduje mierne podmienky, aby sa zabránilo poškodeniu cieľovej molekuly. Napríklad spôsob odstránenia ROH z chránených alkoholov je zvyčajne výroba éterov (ROR') alebo esterov (ROCOR') a ich následná hydrolýza alebo okyslenie za vhodných podmienok.
V súhrne je úloha ochranných skupín pri syntéze PNA kľúčová, pretože zaisťujú účinnú syntézu komplexných molekúl, vyhýbajú sa necieľovým reakciám a možno ich selektívne odstrániť, keď je to potrebné na získanie purifikovaných produktov PNA.